Xí nghiệp hoạt động theo Điều lệ Tổ chức và hoạt động của Công ty Tài Nguyên và Môi Trường miền Nam do Bộ Tài nguyên và Môi trường ban hành kèm theo Quyết định số 10/2004/QÐ-BTNMT ngày 15 tháng 6 năm 2004; Quy chế tổ chức và hoạt động của Xí nghiệp; các qui định khác của Nhà nước và của Công ty.

     Xí nghiệp được Công ty giao tài sản, nhân lực, kinh phí để thực hiện nhiệm vụ của mình. Xí nghiệp có trách nhiệm quản lý,sử dụng tài sản, nhân lực, kinh phí được giao theo quy định của Công ty và theo qui định Pháp luật hiện hành của Nhà nước.

     Xí nghiệp hoạt động theo nguyên tắc tập trung dân chủ và chế độ một thủ trưởng, chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Giám đốc Công ty. Trong hoạt động của mình, Xí nghiệp tuân thủ các quyết định, điều lệ, quy chế, quy định, chỉ thị và các văn bản khác của Giám đốc Công ty; các quyết định của Giám đốc Xí nghiệp; các văn bản Pháp luật hiện hành của Nhà nước.

     Xí nghiệp là đơn vị hạch toán phụ thuộc, hình thức ghi sổ kế toán; thực hiện các nghiệp vụ tài chính - kế toán theo sự chỉ đạo nghiệp vụ của Công ty và các văn bản Pháp luật hiện hành. Hàng năm Xí nghiệp lập báo cáo tổng hợp và thanh - quyết toán tài chính với Công ty.   

     Kinh phí hoạt động của Xí nghiệp do Công ty giao theo kế hoạch hàng năm và kinh phí từ các hơp đồng kinh tế do Giám đốc Công ty uỷ quyền ký.