Chi nhánh hoạt động theo Điều lệ Tổ chức và hoạt động của Công ty Tài nguyên và Môi trường miền Nam ban hành kèm theo Quyết định số 10/2004/QÐ-BTNMT ngày 15 tháng 6 năm 2004; Quy chế Tổ chức và hoạt động của Chi nhánh; các quy định khác của Nhà nước và Công ty

           Chi nhánh được Công ty giao tài sản, nhân lực, kinh phí để thực hiện nhiệm vụ của mình. Chi nhánh có trách nhiệm quản lý, sử dụng tài sản, nhân lực, kinh phí được giao theo quy định của Công ty và theo quy định Pháp luật hiện hành của Nhà nước.

           Chi nhánh hoạt động theo nguyên tắc tập trung dân chủ và chế độ một Thủ trưởng, chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Giám đốc Công ty. Trong hoạt động của mình, Chi nhánh tuân thủ các quyết định, điều lệ, quy chế, quy định, chỉ thị và các văn bản khác của Giám đốc Công ty; các quyết định của Giám đốc Chi nhánh; các văn bản Pháp luật hiện hành của Nhà nước.

           Kinh phí hoạt động của Chi nhánh do Công ty giao kế hoạch hàng năm và kinh phí từ các hợp đồng kinh tế do Giám đốc Công ty uỷ quyền ký.